Depuis 1905, la Fédération protestante rassemble la plupart des Églises et des associations protestantes de France. Ces Églises appartiennent à toutes les sensibilités du protestantisme qui se sont manifestées depuis la Réforme : luthérienne, réformée, évangélique, baptiste et pentecôtiste. Quant aux associations, ce sont essentiellement des institutions, des œuvres ou des mouvements travaillant dans des secteurs d'activité très divers : enfance, personnes âgées, action sanitaire et sociale, loisirs et vacances, éducation, communication, expression artistique, relations internationales et développement, etc. La Fédération protestante représente aujourd'hui une communauté d'environ 900 000 personnes et continue d'enregistrer des demandes d'adhésion, tant de la part d'Églises que d'associations.

Le Conseil de la Fédération est composé d'une vingtaine de membres élus par l'Assemblée générale. Il se réunit 4 fois par an et applique les orientations tracées par cette assemblée. C'est lui qui élit le bureau et le président de la FPF, Claude Baty, nomme le secrétaire général, Jean Michel Roques, et les chefs de services, constitue les commissions. La FPF est membre de droit de l’Association Unifiée du Collège Cévenol.

Anne Marie Boyer, membre de ce conseil, représente la FPF au sein de l’AUCC.